Roald Bergmann er en karismatisk ungdomspræst, der i sluthalvfemserne er med til at få børn og unge til at dyrke troen på helbredelser, tungetale og dommedag i den lokale Pinsekirke på Bornholm. Han får skabt sin egen ungdomssekt, men noget går galt, og det trækker spor af smerte frem til i dag.
Sektlederens hemmeligheder er en historie om ensomhed og fælleskabets store styrke, og om religionens fantastiske kræfter. Over tre afsnit følger Roald Bergmann fodsporet gennem sin families hemmeligheder og opdager hvordan, de er tæt forbundne til hans egen ungdom. Hvad er sandheden om den tro, der har givet så meget håb og kostet så meget ulykke?